青爱工程与各地政府部门合作，为协调、促进和实施青爱小屋项目而设置的工作枢纽。一般设置在省、市的为基地，设在区、县的为工作站。

基地、工作站的设立，是为了配合政府，把当地学校的青爱教育搞起来，做好当地学校的艾滋病防治工作、青春期性健康教育、心理健康教育工作，也让当地的慈善工作和传统文化教育工作多一个抓手。

青爱工程已在全国27个省份77个地区的学校和社区援建青爱小屋1188所，设立项目基地、工作站56家，累计培训师资12000余人次，救助特困儿童、青少年33000余人次，受益学生、教师和家长2600万余人次，探索出了符合中国国情与青少年年龄特点的“性教育防艾模式”。

001号·青爱工程四川基地，设立于2009年11月3日，基地依托成都大学设立，下设成都市青羊区、龙泉驿区、金牛区和自贡市沿滩区4家工作站，现管理青爱小屋76所。

002号·青爱工程大庆基地，设立于2011年8月20日，基地依托大庆市青少年青春期教育研究会设立，下设大庆市教育局直属学校、让胡路区、萨尔图区、龙凤区、红岗区、大同区、肇州县、肇源县、林甸县和杜蒙县10家工作站，现管理青爱小屋231所。

003号·青爱工程空中联盟抚顺基地，设立于2011年8月20日，基地依托抚顺市第二中学设立。现管理内蒙古、黑龙江、河北、辽宁、陕西、山东、江苏、江西、广东、重庆、海南等11个省市的青爱小屋26所。

004号·青爱工程重庆基地，设立于2013年1月9日，基地依托在重庆市青少年性健康教育研究会设立，现管理青爱小屋13所，其中12所青爱小屋设立在大学。

005号·青爱工程牡丹江基地，设立于2012年5月17日，基地依托牡丹江市教育局设立并开展项目工作。

006号·青爱工程江阴基地，设立于2013年10月18日，基地依托江阴市云亭中学设立，由江阴市教育局组织开展项目工作，现管理青爱小屋103所。

007号·青爱工程林州基地，设立于2014年2月18日，基地依托林州市桂园学校设立，由林州市慈善总会、林州市教体局组织开展项目工作，现管理青爱小屋69所。

008号·青爱工程德宏基地，设立于2015年9月23日，基地依托德宏州教育局开展项目工作，现辖青爱小屋32所。

009号·青爱工程云南基地，设立于2015年9月9日，基地依托云南大盈江玉锦社工服务中心设立，现管理青爱小屋12所。

010号·青爱工程湖北基地，设立于2016年5月20日，基地与武汉市山楂树文化艺术教育有限公司合作开展项目，现管理青爱小屋24所。

011号·青爱工程黑龙江基地，设立于2016年11月25日，现管理青爱小屋45所。

012号·青爱工程温州文成基地，设立于2017年6月20日，青爱工程设立的首家县级基地。

013号·青爱工程湖南省基地，设立于2018年12月1日，现管理青爱小屋15所。

014号·青爱工程湖南长沙市基地，设立于2018年12月1日。

015 号·青爱工程湖南郴州市基地，设立于2018年12月1日，现管理青爱小屋12所。     

016 号·青爱工程温州市基地，设立于2019年11月25日。

017 号·青爱工程温州市瓯海区基地，设立于2019年11月25日。

018号·青爱工程温州市鹿城区基地，设立于2019年11月25日。

019号·青爱工程温州市龙湾区基地，设立于2019年11月25日。

020号·青爱工程温州市洞头区基地，设立于2019年11月25日。

021号·青爱工程温州市乐清市基地，设立于2019年11月25日。

022号·青爱工程温州市瑞安市基地，设立于2019年11月25日。

023号·青爱工程温州市永嘉县基地，设立于2019年11月25日。

024号·青爱工程温州市泰顺县基地，设立于2019年11月25日。

025号·青爱工程温州市苍南县基地，设立于2019年11月25日。

026号·青爱工程温州市平阳县基地，设立于2019年11月25日。

027号·青爱工程湖南株洲市基地，设立于2019年12月24日。

028号·青爱工程湖南邵阳市基地（筹建中）

029号·青爱工程江苏泰州市基地，设立于2021年5月28日。

030号·青爱工程西藏日喀则市基地，设立于2021年7月30日。

031号·青爱工程上海市徐汇区基地，设立于2021年10月20日。

1+1心联行动四川基地，设立于2008年6月5日，基地依托成都工业学院（原成都电子高等专科学校）开展项目工作，现管理心联小屋119所（含重庆市1所）。