随着可使用药物的增多及一些新的研究结果的出现，抗逆转录病毒治疗变得更加复杂。

近年来关于何时开始抗逆转录病毒治疗（ART）存有很大的争论，总的趋势是更加保守。首先这是因为，即使病毒被长期抑制到血浆中不可检测的水平，目前的治疗也不能根除体内的HIV，HIV仍在进行低水平的复制。目前的治疗方法将可能是终生的。其次，如果终身长期服药，病人服药的依从性很难保证。

另外，抗病毒药物带来的副反应（特别是药物的长期毒性）以及HIV耐药性的产生都是要考虑的因素。在发展中国家，由于有限的医疗资源，还要考虑经济上的理由。因此对何时开始ART，我们将不得不综合考虑并加以进一步研究。 推迟治疗被认为是安全的。国外的研究表明，CD455000拷贝/ml（RT-PCR法）的HIV感染者，约15%在3年内进展为艾滋病（AIDS），并且治疗后仍可获得免疫重建。当CD4350/mm3相比，死亡率有所上升，但在统计学上没有显著性差异。另外对死亡率和比例风险函数（hazard ratio）有显著性影响的因素是，治疗开始时存在机会性感染（OI）和开始HAART之前曾经接受过单药或两联药物治疗（由于产生了耐药，导致治疗失败，引起死亡）。另外HIV-RNA也是死亡率预测指标之一，HIV-RNA50拷贝/ml）。CD4-T淋巴细胞计数应逐渐上升。这两项指标的监测间隔时间最好是3～4个月。血浆中病毒载量下降的速度可预测HIV-RNA。